Atualizar o cPanel é muito fácil. Seguem alguns comandos para atualização do cPanel e alguns adicionais.
PASSO 1: Conectar via SSH ao seu servidor / VPS com usuário root
PASSO 2: Inserir a linha pretendida, conforme especificado abaixo uma por vez:

# Atualizar todos os scripts do cPanel
/scripts/updatenow
# Atualizar para a última versão do cPanel
/scripts/upcp ---force
# Atualizar para a última versão MySQL suportada
/scripts/mysqlup --force
# Atualizar o e-mail para a última versão
/scripts/exim4 --force
# Corrigir possíveis falhas
/scripts/fixeverything
# Reiniciar o WHM / cPanel
/etc/init.d/cpanel restart